2003年,柴楠调到农场种子公司实验站专职负责水稻研究实验工作。当时,省农垦总局水稻专家徐一戎正进行“寒地水稻优质高产群体素质标准与调控技术研究”的课题,这也是柴楠想研究的课题。他带的小组承担了这个课题的9个子课题的研究实验工作。柴楠把几年来在生产队积累的经验全用上了。经过三年的努力,他带的小组交出了一张圆满的答卷。他写的《寒地水稻氮肥施肥模式研究》获分局科技进步成果一等奖,农垦总局优秀论文奖;《寒地水稻钾肥施用技术研究》获分局科技进步成果二等奖,农垦总局优秀论文奖;《寒地水稻控蘖技术研究》、《硅钾钙镁肥在水稻上应用效果分析》获农垦总局优秀论文奖。
2007年,担任现代农业研发中心实验站副站长的柴楠承担了农垦总局“寒地水稻有机食品配套栽培技术研究”课题。研发中心实验田里划出1.2亩水田供他进行试验种植有机水稻,此项种植不能用化肥、农药、杀虫剂。肥料的问题还有办法,柴楠到养牛小区拉牛粪,堆起来发酵后撒到田里。但灭虫灭草就困难了,用覆膜控制草、苦参碱灭虫效果都不太好,收获时水稻亩产不到250公斤。
为了解决不用化学农药又要控制住杂草病虫这个难题,柴楠上网找信息,翻书查资料。书中有记载说在宋朝时有一种职业叫赶鸭帮,就是养一群鸭子放到各个种稻农户田里让鸭子吃稻田杂草。而且现在南方有些地方也用种稻与养鸭相结合的方式种植有机水稻,叫做稻鸭共育。柴楠决定试一试。2008年水稻插秧后,他从养鸭户那里买了30只半大鸭子放入稻田,鸭子把头伸到水里滤水几个来回,大部分稗子草都发不了芽,就是刚冒头的稗子草也不够鸭子吃的。夏天水稻长高了,叶子上生些虫子,不一会儿就被鸭子消灭了。而且鸭子的粪便直接给地里施了肥。这一年,他的实验田不上化肥、不施灭草灭虫药,水稻亩产达到了420公斤。
2010年农场决定实地扩大有机水稻种植面积,主打稻鸭共育种植有机水稻。柴楠担负起了3400亩有机水稻的种植。春天,他在稻田旁搭起了鸭棚。5月初买进了3000只鸭雏。可照顾起这些毛茸茸的小家伙却很累,喂水、喂料、清理粪便忙个不停。此时柴楠还担负着总局的科研课题,白天要回单位进行研究,晚上扔下妻子一个人在地里又不放心。他就早晨骑摩托车回单位,晚上再赶到地里,20多天来回60多公里的路他就是奔波过来的。5月下旬,终于盼到了田里插上秧,小鸭子进了稻田来回觅食,他悬着的心才放下。有耕耘就有收获,秋天,水稻收获了,亩产405公斤;鸭子也长大可以销售了。柴楠的研究也取得了累累硕果。他写的论文《寒地水稻有机水稻配套栽培技术研究》获得农垦总局优秀论文奖。在全国有机水稻稻鸭工作研讨会上作了经验介绍,他生产的有机水稻已通过欧盟ECOCERT有机认证,并注册了“北斗翁”牌有机大米。他本人还被授予省县域优秀农村科技人才称号。